無(wú)土栽培還有一個(gè)顯著(zhù)優(yōu)勢就是大大減輕了土傳病害。蔬菜病蟲(chóng)害中，60%與土壤有關(guān)，解決了土傳病害，就明顯降低蔬菜病蟲(chóng)害。
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需要強調的是，無(wú)土栽培盡管能有效解決土傳病害，但無(wú)土栽培并非傳說(shuō)那樣沒(méi)有病蟲(chóng)害！仍然會(huì )面臨其它病蟲(chóng)害。另外，營(yíng)養液的大面積循環(huán)使用，也存在水傳病害的可能性。
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基質(zhì)培需要注意病蟲(chóng)害通過(guò)基質(zhì)傳播。盡管無(wú)土栽培的基質(zhì)培基質(zhì)含水量通常遠大于土培，可以抑制一些蟲(chóng)害繁衍（比如遲眼蕈蚊即韭蛆），但仍不能杜絕所有病蟲(chóng)害的傳播，所以，基質(zhì)每茬需要消毒滅菌滅蟲(chóng)。