基質(zhì)的選擇一般要滿(mǎn)足以下要求：無(wú)毒無(wú)害、透氣穩定、方便易得、干凈無(wú)菌。
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一般河沙、珍珠巖、椰糠、進(jìn)口泥炭土、巖棉等都可以作為無(wú)土栽培基質(zhì)；其中珍珠巖、椰糠、進(jìn)口泥炭和巖棉應用最廣。
珍珠巖體積輕、無(wú)毒無(wú)菌、理化性質(zhì)穩定且非常廉價(jià)，在大面積基質(zhì)栽培中應用較廣。不過(guò)保水能力差、容易粉化、營(yíng)養液擴散差、過(guò)于輕而固定性差是它的弱點(diǎn)，如果供液不及時(shí)、滴灌不均勻，作物容易出現缺水萎蔫，一般會(huì )配合泥炭土、椰糠等來(lái)使用。
進(jìn)口泥炭有不同的粗細規格，一般10-30mm和20-40mm適用于蔬果的基質(zhì)栽培，保水性、通氣性、生根性均不錯，是目前基質(zhì)栽培最廣泛使用的材料。
不過(guò)泥炭土屬于不可再生資源，國內的東北草炭土一般以苔草樹(shù)枝物分解而成，穩定性差，一般需摻混別的基質(zhì)來(lái)使用；進(jìn)口泥炭土資源多數是高緯度泥炭蘚濕地的長(cháng)年堆積物，穩定性非常好，可單獨應用，并能重復使用2-3茬。
巖棉是輝綠石、石灰巖、焦炭三者按 3:1:1 混合，經(jīng)高溫熔化噴成的透氣吸水纖維。優(yōu)點(diǎn)是孔隙度大，可達 96%，吸水性強。巖棉在歐洲的蔬菜無(wú)土栽培上應用面積最廣，是最常用的無(wú)土栽培基質(zhì)之一。
椰糠（以及椰殼）的透氣性、保水性都比較理想，而且無(wú)毒無(wú)菌、材料可再生、性質(zhì)穩定（經(jīng)過(guò)消毒可連續使用2-3年），是最理想的基質(zhì)栽培之一。椰糠的缺點(diǎn)是鹽分含量高，但經(jīng)過(guò)清水及營(yíng)養液的沖洗可以消除這個(gè)問(wèn)題。
目前還有成型的壓縮椰糠栽培袋銷(xiāo)售，可快速鋪設基質(zhì)栽培設施，方便易用。